Những truyền thuyết được ghi chép lại trong cuốn Cổ sự ký và Nhật Bản thư kỷ. Cuốn Nhật Bản thư kỷ tương tự như Heimskringla của Bắc Âu, trong đó các vị vua chúa đều cho rằng mình là con cháu của các vị thần, ở đây là nữ thần Mặt Trời Amaterasu, đó cũng là lý do cờ nước Nhật có hình Mặt Trời.

Sau này Phật giáo và Nho giáo bắt đầu du nhập vào Nhật Bản, vì vậy tên gọi Thần đạo được đặt ra để phân biệt. Từ 538 – 710 vào thời kỳ Asuka, những thần xã đầu tiên được xây dựng, tuy nhiên Phật giáo phát triển lấn át Thần đạo. Đến đầu thế kỷ thứ 9, đại sư Kōbō hợp nhất những tư tưởng Phật giáo và tín ngưỡng xưa để tạo ra Chân ngôn tông, nhưng Thần đạo dường như dần bị lãng quên.

Mãi đến thời kỳ Edo (1603 - 1868), nhờ những người đề cao tư tưởng tự hào dân tộc và bài trừ những phong tục du nhập từ nước ngoài như Motoori Norinaga hay Hirata Atsutane mà Thần đạo được tách khỏi Phật giáo. Thế nhưng điều này cũng không khiến cho Thần đạo trở thành tôn giáo của quốc gia, bởi sức ảnh hưởng của Phật giáo thời bấy giờ quá lớn.

Những tôn giáo như Thiên Chúa giáo, hay Hồi giáo thì chỉ tôn thờ và tin vào một vị thần tối cao, nhưng Thần đạo thì lại khác – là tôn giáo có rất nhiều thần, chứ không tin vào một vị thần cụ thể. Bởi trong Thần đạo quan niệm rằng thế giới như một dòng chảy liên tục của sự sáng tạo, sự hòa quyện của những linh hồn sống trên Thiên đàng đến những linh hồn trú ngụ ở dưới lòng đất, ở cây cỏ, và tất cả những thứ xung quanh. Nghĩa là mọi vật tồn tại trên thế giới đều có sự sống và linh hồn.

Một điểm độc đáo của Thần đạo đó là không có kinh thư hay kinh thánh như những tôn giáo khác, mà chỉ có những lời cầu nguyện, hay những câu khấn được truyền miệng qua hàng thế kỷ. Thần đạo cho rằng chỉ cần những lời hay ý đẹp được nói đúng lúc thì sẽ mang đến những kết quả tốt đẹp. Người theo Thần đạo không quan niệm đến kiếp sau, chỉ cầu nguyện những điều ở thực tại như cầu sức khỏe, hạnh phúc, hay cầu cho mùa màng, lương thực, hoặc bày tỏ lời cảm ơn. Và những lời cầu nguyện thường được những người trông coi đền thờ Thần đạo đứng ra thực hiện trong nghi lễ.

Mặc dù Thần đạo không có những điều lệ buộc người theo đạo phải tuân theo, làm theo, thế nhưng Thần đạo đem đến cho người theo đạo những giá trị, chuẩn mực của cuộc sống, và rồi những giá trị này thấm sâu vào văn hóa của người Nhật, dần tạo nên cho người Nhật những phẩm chất tốt đẹp. Thần đạo đề cao sự trong sạch và thanh tẩy, vì vậy những đền thờ Thần đạo thường được đặt ở nơi có dòng nước chảy qua, những người theo đạo sẽ dùng nước ở đây để rửa tay và rửa miệng trước khi vào đền thờ.

Người Nhật không dùng hình ảnh của các thần để thờ mà sử dụng biểu tượng của các thần. Trên bàn thờ các vị thần có những bài vị hoặc những mảnh giấy ghi tên của các vị thần mà họ tôn kính, muốn thờ cúng. Đền thờ Thần được gọi là thần xã. Các Thần xã thường được xây dựng trên đồi núi, những nơi cao, và mỗi lần đến thờ cúng tại các thần xã thì sẽ phải leo từ dưới lên, mặc dù sẽ rất vất vả, thế nhưng đó là cách tỏ lòng tôn kính các vị thần.

Nổi tiếng nhất là thần xã Itsukushima nằm trên nước, được xem là di sản văn hóa quốc gia, và được công nhận là di sản văn hóa thế giới. Thiết kế xây dựng đền thờ cũng được người Nhật hết sức chú trọng và tỉ mỉ. Phía ngoài đền thờ có cổng Torii bằng gỗ, được sơn màu đỏ, cấu trúc cơ bản gồm hai cột thẳng đứng, hai thanh ngang đóng sát nhau ở trên đỉnh, phía dưới nữa là một thanh ngang. Theo tương truyền khi bước qua cánh cửa này nghĩa là đã đặt chân đến chốn linh thiêng. Cổng Torii càng gần chính điện thì sẽ càng linh thiêng. Nhiều người tin vào sự linh thiêng này nên thường xuyên bỏ tiền tặng cổng Torii cho đền.

Cho tới ngày nay thì Thần đạo vẫn là tôn giáo được người Nhật tôn kính và lưu giữ từ năm này sang năm khác. Đây cũng là tôn giáo mang đậm chất Nhật Bản nhất, vậy nên mặc dù không có quá nhiều quy tắc nhưng vẫn có rất nhiều người tin yêu. Và đây cũng được xem là một nét văn hóa truyền thống của Nhật Bản.